L'histoire de la marque horlogère suisse débute à l'été 1832, lorsque Auguste Agassiz, commerçant alors âgé de 23 ans, s'installe comme associé du magasin de montres Comptoir Raiguel Jeune dans la petite ville de Saint-Imier. Ces comptoirs sont chargés d'acheter les composants horlogers bruts pour ensuite les livrer à des horlogers. Le commerce d'Agassiz est tellement florissant qu'il prend seul la tête du comptoir en 1846. Des problèmes de santé le poussent néanmoins à trouver rapidement un successeur adéquat. Il le trouve en 1852 en la personne d'Ernest Francillon, son neveu, qui fait son entrée dans l'entreprise familiale et prend, peu de temps après, la tête de l'entreprise.
Le jeune Francillon fait rapidement un constat : l'horlogerie de comptoir n'a pas d'avenir dans le processus de production. Il voit plus loin, désireux de produire des montres en série. En 1866, un bâtiment est à vendre au bord de la Suze, c'est à ce moment que Francillon saisit l'occasion tant convoitée et l'achète. Le lieu-dit Les Longines (en patois local "prés allongés") est l'opportunité idéale pour créer son usine. En 1867, Francillon inaugure son site de production. La même année, l'entreprise présente son premier mouvement, le 20A, qui sera récompensé à l'Exposition Universelle de Paris. Au fil des années, Longines intensifie l'industrialisation de sa production. La manufacture devient ainsi rapidement pionnière dans la mécanisation de la production horlogère.