L'histoire d'IWC Schaffhausen est riche en rebondissements. La marque naît dans la tête de l'horloger et ingénieur américain Florentine Ariosto Jones. Entre 1841 et 1916, celui-ci vit à Boston et occupe un poste à responsabilités chez l'horloger E. Howard & Company.
L'idée de F. A. Jones est de combiner les techniques de fabrication américaines au savoir-faire horloger suisse. Le jeune Américain part donc à la rencontre de l'industriel Johann Heinrich Moser en Suisse, qui possède une usine horlogère et une centrale hydroélectrique à Schaffhouse au bord du Rhin.
En 1868, Jones loue quelques salles de l'usine de Moser pour y installer l'International Watch Company avant de construire, quelques années plus tard, ses propres locaux. Si les coûts salariaux sont moins importants en Suisse, IWC peine à faire décoller son chiffre d'affaires. La demande est trop faible et les frais de douane entre les États-Unis et la Suisse sont bien trop élevés. L'usine devient vite insolvable et tombe entre les mains de la Banque de commerce de Schaffhouse, qui transforme IWC en société anonyme en 1874.
Après une deuxième faillite en 1880, le Suisse Johannes Rauschenbach rachète l'entreprise et IWC connaît enfin la stabilité. Pendant plusieurs générations, différents membres de la famille dirigent la marque à tour de rôle et sous différents noms. Le célèbre psychanalyste C. G. Jung a lui-même fait partie des associés à une époque. En 1929, son gendre Ernst Jakob Homberger rachète ses parts et prend la tête de l'entreprise. En 1955, c'est au tour de son fils Hans Ernst Homberger de diriger la marque. Il devient ainsi le dernier membre de la famille Rauschenbach à la tête d'IWC.
La crise du quartz, l'augmentation du prix de l'or et la baisse du cours du dollar poussent Hans Ernst Homberger à vendre l'entreprise à l'Allemagne en 1978. La marque va à nouveau connaître des hauts et des bas. IWC fait d'abord partie de la VDO Adolf Schindling AG, plus connue pour ses compteurs de voiture. La même année, VDO absorbe un autre fabricant suisse traditionnel, Jaeger-LeCoultre. Lorsque VDO est racheté par le groupe Mannesmann en 1991, les deux marques horlogères se retrouvent à nouveau sous le même toit. En 2000, le géant des télécoms Vodafone reprend le groupe Mannesmann. Vodafone se sépare d'IWC, de Jaeger-LeCoultre et de la société Lange Uhren GmbH (A. Lange & Söhne) pour les céder au groupe suisse Richemont, spécialisé dans le luxe, dont IWC fait toujours partie. Richemont possède d'autres marques horlogères comme Panerai ou encore Baume & Mercier.